可见，政府农业网站须做大做强、做精做专、做出品牌、做出权威、做出地方特色，才有出路。为此，须强化管理、统筹规划、优化机制、有序运行。要突出解决以下几方面的管理和运行机制问题。
1．改革完善政府农业网站的管理机制
针对农业网站建设管理运行中的一些问题，下决心通过改革创新来解决。按照中央2006年1号文件关于“要加快农业技术推广体系改革和建设，积极探索对公益性职能与经营性服务实行分类管理的办法，完善农技推广的社会化服务机制”的精神，积极探索改革农业信息网站服务中公益性服务和信息增值服务管理机制。贯彻中办关于鼓励“政务信息资源社会化增值开发利用”的精神，在坚持政府投入建设运行公益性支撑服务的原则下，采取市场化机制，灵活开发农业网站的信息增值服务，实现决策、用人机制、投入与分配、评价机制、网站服务长成与淘汰机制、内容功能服务的创新，增强信息服务的灵活性、对市场用户需求的适应性。研究制定相关标准和措施，保障和规范公益性农业信息服务机构的服务行为。逐步发展商业性农业信息服务产业。
2．建立政府农业网站体系的统筹管理机制
应该统筹建立政府农业网站体系，以数据交互为基础，科学布局网站内容，加强网站界面功能整合，加强联合、统筹共享、打造品牌，这才是政府各级农业网站的出路。农业部门从上到下是一个组织体系，网站以此为依托，可以组织成一个天然的一体化的网站群体系，这是我们农业部门的优势所在——在世界上只有一个中国，只有一个中华人民共和国农业部，这就是世界上唯一的一个品牌。这个品牌优势的牌不打，我们就自己扔掉自己长处了，所以，各级农业部门要放开眼界和胸怀，找到自己的政绩着力点。山东烟台高岭镇引来了80万美元的洋桃繁育项目，安徽芜湖养鸡户卖出了鸡苗，青海的企业跟国外的客户达成了交易，等等，这就是我们农业网站的价值所在。我国局部省区如安徽、河北统一规划建设运行网站群，四川、西藏等在建设中，青海在规划中；局部系统的应用如一站通、网上展厅、信息联播以及华东七省市协作平台，浙江的农民信箱，这些是联合的典范。联合效能的例证有如美国大豆、玉米协会，日本农协。
3．建立政府农业网站信息内容的采集处理机制
某种意义上，各级农业部门、相关行业领域的相关单位是农业信息的主要来源。充分发挥农业网站体系的优势，在统一规划布局的基础上，重组信息内容与功能，制定相应制度规范、增加投入，建立农业信息内容的生产机制。实现信息职能层级化，布局区域化，采集分析处理和服务分工专业化，合理分布、突出优势、强化特色、主攻专精，加强相关网站、相关工作人员的分工合作、各负其责。以用户（农业管理部门、农户、企业等）为中心，紧密结合经济社会发展、农业产业化发展要求，紧贴生产、市场、生活、农业管理需求，按照用户主导、市场主导、内容主导，服务互动有效的原则，分工把口，采集处理加工和开发农业信息资源，逐步实现按部门按地区按业务分类的“多站式”服务向“一站式”服务转变，逐步实现网站信息发布特色化、服务内容精细化，公信诚信权威化、全国网站品牌化。
4．建立网站增值信息服务工作利益连接（绩效激励）机制
建立信息服务效益与各方（工作人员）利益之间的连接机制，主要在三个利益点上：一是要体现网站与网站各类用户的利益粘结点、效用联接点；二是要体现网站主办单位（政府部门或者其他机构）与网站运行单位的利益联接点；三是最重要的，要体现网站增值效益与网站工作人员的利益联接点。尤其对于分离出来的增值信息服务内容，要采取一定激励措施，或者企业化经营管理办法，通过制度创新激励业绩创新，提高服务水平、提高经济和社会效益。
5．建立一整套农业网站运行的保障机制
一般意义而言，农业网站作为网站平台的一种，其管理运行机制还有与其他网站相同之处。这是需要在具体工作实践中注意遵循的。
一是要建立完善相应的组织机构体系。在体系中要有合理的人员结构和分工，包括管理人员、技术人员、信息分析处理人员。专门收集处理信息工作人员还要根据需要进一步分工，如采集报送人员、市场分析人员、工作动态信息联络人员。等等
二是要建立完善的规范制度。信息公开与共享、信息提供与报送，要有制度保障、法制规范依据。各个工作主体（个人、单位、组织机构、部门等），都要有明确的职责分工和绩效考评制度。
三是要建立保障资金投入的长效机制。无论是公共公益性信息服务的政府投入，还是增值信息服务的市场资源的资金来源，都要形成可持续的保障机制。要争取相关的支持政策，充分开发信息资源和市场潜力。
四是要建立人才教育培训机制。一定要加强网站工作人员的学习、研究、教育的督导培训工作，建立严格的制度并坚决执行，不惜投入人力、资金、时间，充分利益内外部资源手段，有步骤有计划地不断培养提高有关人员的工作技能素质。
五是建立监督运行奖惩机制。要建立人才管理评价制度，要采取晋升与薪酬、绩效评价等措施，对工作绩效严格奖惩，推进网站高效稳定运行。
六是建立网站绩效评估评价机制。不论从全局的总体上，还是局部地区、系统，还是网站自身，都要有相应的较为全面客观的评估标准和评价制度，定期不定期通过内外部的评估，找出不足、完善改进、推动提高。
七是要建立网站与公众用户互动机制。使得网站与用户的互动得到制度化保证，保证网站信息和服务贴近用户需求、灵活适应市场的变化。
