自1990年以来，采用计算机管理档案就成为政府OA建设的主要课题之一。经过不懈的努力，计算机档案管理系统经历了从微机单机版、海量光盘存储系统版、网络版等不断发展的渐进过程。其间，从最初的辅助手工档案管理，一件一卷的创新档案管理，公文、档案一体化管理，发展到对绝密档案的计算机管理。通过计算机档案管理系统的开发应用，档案管理信息化不断发展，档案管理工作不断得到创新。记得当时吉林省人民政府办公厅开发的档案管理系统和上海市人民政府办公厅开发的公文、档案一体化管理系统都曾在全国引起广泛、热烈、积极的反响。2001年8月，在“国家863计划十五周年成就展览会”上展出的“国务院绝密文档管理系统”标志着政府公文、档案管理信息化进入了一个崭新的发展阶段。
当前，我国已将电子政务建设作为今后一个时期国家信息化的重点，这为档案管理信息化的发展提供了极好的机遇。但是必须看到，档案管理信息化不单纯是工程项目，它是档案管理不断创新的过程，不可能一蹴而就。由于档案管理工作的极端重要性和特殊性，档案管理信息化仍面临着诸多困难和挑战，任重道远。
创新与安全的矛盾
由于档案管理的极端重要性，在不同的历史时期产生了不同的、相对于那个时代最完备的档案管理技术与管理制度。近代档案学已经是一门完善的、体系严密的科学。虽然档案学面临信息化的冲击与挑战，但是我们必须清醒地看到，新一代档案学尚未产生，档案管理信息化还存在大量未解决的难题。因此，处理好档案管理信息化中的管理创新和原有档案管理制度之间的矛盾是我们面临的首要挑战。
原有档案管理制度的核心一是为了快速查询、应用，二是为了确保档案安全。同时，对历史档案管理现状难于改变的特点，必然使档案管理不可避免地走向管理方式的多元化。例如，国务院办公厅的档案管理系统就分为1990年前和1990年后，分别用不同的方式管理。在这方面必须坚持实事求是，尊重历史，毕竟档案的历史管理方法无法改变，档案的安全是第一位的。
档案管理系统向深层应用发展时，会出现与其它应用系统整合的情况，如文档管理一体化。对于这类整合，重要的是处理好整合应用项目与档案管理特有的、独立性要求的矛盾。例如，档案管理中对文件标题有权改动，这必然使公文、档案一体化管理系统的设计复杂化。采取管理创新和合理技术是档案管理与其它信息系统整合的可行的解决方案。
标准化、法制化的挑战
在我国，档案管理信息范的标准化程度相对比较低，造成应用泛围和信息共享性大大下降。主要原因归纳起来有以下几点:
一是管理体制、管理方式不同，难于实现标准化。由于档案自身的复杂性，我国政府的档案管理体系亦比较复杂，分散管理是其突出特点。除中央、地方档案馆外，各政府机构亦管理着相当有年头的档案，有的甚至保存着大量建国初期的档案。由于多头管理，各有政策，造成了管理标准化的困难。
二是在具体管理细节上，各级政府和政府各机构间，缺少必要的协调机制，使本来能够实现标准化的管理变得比较混乱。最明显的例子是为党、政、人大、政协共用的、相对统一的档案分类主题词表都很难提出。
三是信息技术飞速发展造成的应用技术体系不断升级、换代，标准不断变化，加剧了档案管理信息化的风险，加大了投入和建设难度。例如，每次存储介质的革命都带来存储格式和标准的变革，将已经数字化的档案资料置于重新投入巨资升级或放弃原有数据的两难境地。
四是关于档案的立法相对比较缺乏，甚至对超过五十年的历史档案必须解密都没有明确的法律依据，造成大量档案因密级问题无法发挥其应有的使用价值。至于建立电子档案，不但存在巨大的技术和管理方面的问题，而且至今在标准、法律依据等方面都还是空白。
标准化程度低影响了我国档案管理信息化发展进程，造成大量低水平的重复建设；相关法律的滞后则令计算机档案管理系统只能停留在辅助管理的位置上无法继续向前发展。
